Les dispositions du droit de l'environnement concernant l'eau poursuit plusieurs objectifs : préserver l'eau de la pollution, ainsi que la faune et la flore aquatique, et garantir une quantité d'eau potable suffisante pour satisfaire tous les usages.
Plusieurs obligations incombent ainsi aux pouvoirs publics, pour poursuivre ces objetcifs : mise en place de Schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE), assainissement des eaux et délimitation des différentes zones par les collectivités territoriales, autorisation du déversement des eaux usées, ... Elles ont également un pouvoir de contrôle sur les activités d'exploitations qui pourraient toucher la gestion de l'eau.
Sur le même modèle que les installations classées, les IOTA (Installations, Ouvrages, Travaux et Activités) réalisés à des fins non domestiques par des personnes publiques ou privées, impliquant des prélèvements ou des rejets d'eau, ou ayant des impacts sur le milieu aquatique, marin ou sur la sécurité publique, sont soumis à un régime d'autorisation ou de déclaration (article L214-2 du Code de l'environnement). Le degré de contrôle dépend de la dangerosité de l'exploitation. L'article R214-1 du Code de l'environnement dresse une liste exhaustive des activités concernées et précise si elle est soumise à une autorisation ou à une simple déclaration. Les demandes sont soumises à la Mission inter-services de l'eau et de la nature (MISEN).