Bonjour,
A mon sens, votre employeur est fondé à solliciter le remboursement des indemnités perçues en l'absence de présentation des justificatifs afférents puisque le versement de cette indemnité n'est obligatoire qu'à condition de présentation de justificatifs.
En effet, l'absence de présentation de ces justificatifs fait que ces sommes ont été indument perçues.
Votre employeur peut donc se fonder sur l'action en répétition de l'indu, laquelle dispose d'un délai de prescription de droit commun, à savoir 5 ans.
Il convient toutefois de s'assurer que nous sommes dans le cadre de l'obligation légale de versement de cette indemnité de transport et non dans le cadre de dispositions conventionnelles dont les conditions de versement pourraient être différentes.
J'espère vous avoir été utile, n'hésitez pas à indiquer que le problème est résolu si tel est bien le cas.